Záleží, jakým způsobem budeš v rewrite_mod přesměrovávat.
Při použití "standardního" přepisu si vyhledávače zaindexují onu "hezkou url". Pokud ale použiječ přesměrování (R=301 apod), tak si uloží až "skutečnou adresu". Obecně se víceméně můžeš řídit tím, co vidíš v adresním řádku prohlížeče ;)
Základem je však samozřejmě všude odkazovat na tyto "hezké adresy", protože jinak se vyhledávače o jejich existenci nedozví ;)