Nastav si reklamu vzdy nahore v jednom souboru. Tento soubor pak includuj do svych PHP tam kde potrebujes.
Ja to mam udelany tak, ze do vsech stranek se leze pres index.php?parametry. Reklamu mam nastavenou nahore = index.php ale umistuji ji dolu, zobrazuje se na vsech strankach dole, jako by to bylo nastaveny dole.