Protože všechny stránky (i RSS) generuješ z index.php a reklama je vložená v index.php ... Buďto ji omez třeba nějak takto:
if(empty($_GET)) {
echo 'kód reklamy';
}, nebo jí nastav na všechny stránky dolů a při (de)generování RSS usekni provádění skriptu těsně před vypsáním reklamy.