Je to divné ale během půl hoďky jsem na to přišel tak si taky odpovím (šikovnej kluk :).
Tak jsem se podíval do nápovědy Windows Commanderu a tam to bylo stačí se připojit a poslat příkaz "site chmod xyz soubor.???" v tomto přípdě místo xyz je to 666.
Doufám, že jsem poradil i dalším neznalcům unixu, který stejně jako já připojují s Windowsů