JS běží v prohlížeči, PHP na serveru. Tedy jediná možnost předání hodnoty proměnné z JS je tak, že se zavolá další www stránka a té se předá (post nebo get metodou) požadovaná hodnota proměnné. Pokud to bude GET, tak se hodnota přidá do URL, například: window.open('cosi','','soubor.php?prom_v_php='+prom_v_js);
proměnná prom_v_js musí být, pochopitelně, před tímhle voláním nadefinovaná.
Přes POST je, podle mě, třeba vytvořit form a tam např schovaný input. Ten je dobré pojmenovat, dát mu id a přes js (přes id) naplnit hodnotu.
podrobnosti viz manuály k JS. ¨
Možná existuje jiný, jednodušší způsob.